Ngoài tất cả thế lực thù địch bên ngoài, một nhóm quân phản loạn cũng tìm cách lật đổ ngôi vị của Alexios, từ đó đặt ra một mối đe dọa lớn đối với triều đại của ông.[39] Do đây là thời điểm khó khăn chồng chất mà đế chế đang phải chịu đựng, Tính ra thời kỳ của Alexios có vô vàn cuộc nổi dậy chống lại ông nhiều nhất trong số các hoàng đế Đông La Mã.[49] Bao gồm:

Trước cuộc Thập tự chinh thứ nhất

• Raictor, một tu sĩ Đông La Mã tự xưng là hoàng đế Mikhael VII. Ông tự giới thiệu mình với Robert Guiscard, và được dùng như một cái cớ để khởi động cuộc xâm lược cương thổ của Đế quốc Đông La Mã.[49]
• Một âm mưu năm 1084 liên quan đến một số nguyên lão nghị viên và sĩ quan quân đội. Triều đình đã kịp thời phát hiện trước khi quá nhiều người gia nhập. Để che giấu tầm quan trọng của âm mưu, Alexios chỉ trục xuất những kẻ mưu phản giàu có và tịch thu tài sản của họ.[49]
• Tzachas, một tiểu vương Thổ Seljuq giả xưng danh hiệu hoàng đế vào năm 1092.[50]
• Konstantinos Humbertopoulos, có công trợ giúp Alexios giành được ngôi vua vào năm 1081, mưu tính chống lại ông vào năm 1091 với một người Armenia tên là Ariebes.[50]
• Ioannes Komnenos, cháu của Alexios, thống đốc tỉnh Dyrrachium, bị nghi ngờ thông đồng với Theophylact xứ Bulgaria.[50]
• Theodore Gabras, thống đốc bán độc lập xứ Trebizond và con trai của ông Gregory.[50]
• Mikhael Taronites, người em rể của Alexios.[50]
• Nikephoros Diogenes, con trai của hoàng đế Romanos IV Diogenes.[50]
• Giả-Diogenes, một kẻ mạo danh tự nhận là người con khác của Romanos, Leon Diogenes.[51]
• Karykes, thủ lĩnh dấy loạn tại Crete.[50]
• Rhapsomates, kẻ đã cố gắng tạo ra một vương quốc độc lập tại đảo Síp.[50]

Sau cuộc Thập tự chinh thứ nhất

• Salomon, một nguyên lão nghị viên cực kỳ giàu sang đã tham gia vào một âm mưu tiếm vị với bốn anh em trong gia tộc Anemas vào năm 1106.[52]
• Gregory Taronites, thống đốc Trebizond khác.[52]
• Hậu duệ ngoài giá thú của một vị thân vương xứ Bulgaria tên là Aron vào năm 1107 dự tính lập mưu giết Alexios khi ông đóng quân gần Thessalonica. Sự hiện diện của hoàng hậu Eirene và đoàn tùy tùng khiến cho âm mưu khó mà thực hiện. Trong một nỗ lực để đưa bà trở về Constantinopolis, những kẻ mưu phản đã cho làm tờ rơi có nội dung nhạo báng và vu khống hoàng hậu, và để lại trong lều. Do truy tìm tác giả của những ấn phẩm này nên triều đình mới phát hiện ra toàn bộ âm mưu này, nhưng Aron chỉ bị trục xuất do ông này có mối liên hệ họ hàng với dòng dõi hoàng gia Bulgaria, cùng chung huyết thống với hoàng hậu Eirene.[53]